İmam Hatip Liselerinin ilk nüvesi; Osmanlı Devleti’nin son döneminde vaiz yetiştirmek amacıyla 1912 yılında açılan Medresetü’l-Vaizin ile imam ve hatip yetiştirmek üzere 1913’te açılan Medresetü’l-Eimme ve’l-Huteba’dır. Bu iki medrese 1919’da Medresetü’l-İrşad adıyla birleştirildi.

Bundan iki yıl sonra, 8 Mayıs 1921’de Medâris-i İlmiye Nizamnamesi, yani "Bilim Medreseleri Kanunnamesi” çıktı. Bu nizamname, İmam Hatip Liselerinin ilk prototipi olarak kabul edilebilecek olan okulların müfredatını, bugünkü imam hatip okullarının müfredatına benzer bir şekilde düzenlemişti. TBMM tarafından açılarak sayıları 465´i bulan ve hem fen bilimleri, hem de dini bilimlerin bir arada verildiği bu ilk Cumhuriyet okulları, 1924 yılında Tevhid-i Tedrisat Kanunu´nun kabul edilmesinden sonra kapatıldı. Yeni kanunla birlikte ilk kez "imam hatip" ismi de kullanılmaya başladı. Yeni kanun din adamı yetiştirmek üzere "İmam Hatip Mektepleri" açılmasını öngörüyordu. Ancak kapatılan yüzlerce medrese karşılığında sadece 29 yerde İmam Hatip Mektebi açıldı. Bu sayı ise her yıl biraz daha azalarak 1932’de İmam Hatip Mektepleri tamamen kapatıldı.

Okullar, 1949 yılında tekrar açıldığında adı “İmam Hatip Kursları”ydı. Demokrat Parti iktidarı sonrasında Celaleddin Ökten hocanın projesini hazırlayıp hükümete kabul ettirdiği imam hatip okulları ise 1951 yılında yeniden açıldı. İlk kurulan okul İstanbul İmam Hatip Lisesi olurken, onu 6 okul daha takip etti. Aynı yıl, İstanbul, Ankara, Konya, Adana, Isparta, Kayseri ve Kahramanmaraş'ta ilk imam hatip okulları açıldı. 1969 yılında da Isparta’da ilk kız imam hatip okulunun temeli atıldı.

Devam eden yıllarda pek çok yenilik, değişiklik yaşandı ancak imam hatiplerin hayatı hep mücadeleyle geçti. 1997 yılında ise imam hatipleri 28 Şubat darbesi vurdu. Okulların orta kısmı kapatılırken, üniversiteye geçişte katsayı engeli kondu. 2009’da katsayı uygulaması kaldırıldı, 2012’de de 15 yıl aradan sonra imam hatip okullarının orta kısmı yeniden açıldı. Bugün Türkiye’de “proje okullar” başlığı altında fen ve sosyal bilimler, dil, sanat, spor ve hafızlık alanındaki imam hatiplerin yanısıra, uluslararası imam hatipler de faaliyet gösteriyor. Yurtdışında ise 22 ülkede 54 imam hatip lisesi bulunuyor.